首先分清单位机构负责人和会计机构负责人之间的区别：
单位负责人就是法定代表人，说的通俗一点，就是那个营业执照上下方写的法人代表。
而会计机构负责人呢？说的通俗一点就是公司的会计头头，称呼可能有很多，比如有的叫财务经理，有的只是会计，还有的名称帅气一点叫“cfo”。但是不管叫什么，你只要知道他是公司会计中职位最高的就行了。
接下来回答你为什么说对本单位会计监督制度的建立及有效实施承担最终责任的是会计机构负责人。
所谓的会计监督制度具体的说一点，比如说公司的出纳和会计要分岗，不能同一个人来担任，对现金的盘点制度，一个月盘点几次？什么时候盘？费用报销应该怎么审批？等等很多东东。你想啊，那个法人，他不是这方面专业的，他哪里懂得这么多东西，而且这些制度也是由会计机构负责人制定的，你说法人能最后跑来承担责任吗？谁做的谁负责！所以应当会计机构负责人来负责啦~~

不知明白否？

祝开心~~

<<中华人民共和国注册会计师法>>中， 第五条 国务院财政部门和省、自治区、直辖市人民政府财政部门，依法对注册会计师、会计师事务所和注册会计师协会进行监督、指导。


答案补充
<<中华人民共和国会计法>>
第七条 国务院财政部门主管全国的会计工作。县级以上地方各级人民政府财政部门管理本行政区域内的会计工作。
第三十一条 有关法律、行政法规规定，须经注册会计师进行审计的单位，应当向受委托的会计师事务所如实提供会计凭证、会计帐簿、财务会计报告和其他会计资料以及有关情况。任何单位或者个人不得以任何方式要求或者示意注册会计师及其所在的会计师 事务所出具不实或者不当的审计报告。财政部门有权对会计师事务所出具审计报告的程序和内容进行监督。

按照会计法的规定，财政部门对各单位的下列情况实施监督：
（一）是否依法设置会计账簿；
（二）会计凭证、会计账簿、财务会计报告和其他会计资料是否真实、完整；
（三）会计核算是否符合本法和国家统一的会计制度的规定；
（四）从事会计工作的人员是否具备从业资格。

《财政部门实施会计监督办法》是中华人民共和国财政部第10号令于2001年2月20日颁布，为规范财政部门会计监督工作，保障财政部门有效实施会计监督，保护公民、法人和其他组织的合法权益，根据《中华人民共和国会计法》(以下简称《会计法》)、《中华人民共和国行政处罚法》(以下简称《行政处罚法》)、《企业财务会计报告条例》等有关法律、行政法规的规定，制定本办法。
第九条
财政部门依法对各单位设置会计账簿的下列情况实施监督检查
(一)应当设置会计账簿的是否按规定设置会计账簿
(二)是否存在账外设账的行为
(三)是否存在伪造、变造会计账簿的行为
(四)设置会计账簿是否存在其他违反法律、行政法规和国家统一的会计制度的行为。
第十条
财政部门依法对各单位会计凭证、会计账簿、财务会计报告和其他会计资料的真实性、完整性实施监督检查，内容包括
(一)《会计法》第十条规定的应当办理会计手续、进行会计核算的经济业务事项是否如实在会计凭证、会计账簿、财务会计报告和其他会计资料上反映
(二)填制的会计凭证、登记的会计账簿、编制的财务会计报告与实际发生的经济业务事项是否相符
(三)财务会计报告的内容是否符合有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定
(四)其他会计资料是否真实、完整。

1、首先，你要了解是要新成立部门还是说新增加岗位，还是说让现有的岗位兼职是专业做监督职能还是仅仅是一部分功能
2、其次，你要了解清楚，是要进行业务监督，还是行政监督还是说作风、廉政监督
3、可以考虑成立独立的纪检审计部或者稽核部，人员少点，但是要精干