自然灾害损失不同于人工损失，应计入“营业外支出”，而人工损失一般计入“管理费用”。相关会计处理如下
因遭受意外灾害发生的损失和尚待查明原因的损耗应先计入"待处理财产损溢".针对自然灾害造成的损失一般作为营业外支出处理营业外支出就是费用类借方为增加。
商品发生自然灾害损失的会计分录
发生自然灾害首先要对财产物资盘点以确定损溢情况如果造成损失即盘亏时按如下做分录
批准处理前即调整账簿以达到账实相符做分录如下
借待处理财产损溢
贷(损失的财产财户)

一、自然灾害造成商品损失，进项税额税额是准予在抵扣的。其会计处理：
借：待处理财产损溢
贷： 库存商品
批准后，净损失，
借：营业外支出
贷：待处理财产损溢
二、自然灾害损失进项税额不做转出。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务非正常损失的购进货物及相关的应税劳务非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品本条前4项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费。
税法上所说的非正常损失，只是指因管理不善所造成的。自然灾害不是人为所能控制的，地震等自然灾害造成的损失不属于非正常损失，不需要做进项税额转出，这是考虑到受灾企业的负担，自然灾害造成的税额减少，不是企业管理不善等主观行为，这是国家税收政策公平公正人性化的表现。
三、所得税税前扣除要专项申报
《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》中明确：本通知所称资产损失，是指企业在生产经营活动中实际发生的、与取得应税收入有关的资产损失，包括现金损失，存款损失，坏账损失，贷款损失，股权投资损失，固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
对企业毁损、报废的固定资产或存货，以该固定资产的账面净值或存货的成本减除残值、保险赔款和责任人赔偿后的余额，作为固定资产或存货毁损、报废损失在计算应纳税所得额时扣除。
《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》也明确：资产损失分为实际资产损失和法定资产损失两类。两类资产损失的申报扣除时间，均要求会计上已作损失处理年度申报扣除。企业资产损失按其申报内容和要求的不同，分为清单申报和专项申报两种申报形式。