我国现行税制运行中存在的主要问题
　　1.税收结构缺乏科学性。税收结构缺乏科学性主要体现在间接税和直接税占比不合理。第一，企业税负与个人税负之间的差距过大，不利于经济平稳运行。有学者研究表明，超过90%的税收收入基本来源于企业缴纳。第二，间接税明显多于直接税，这将会在一定程度减弱公民缴纳税收的意识。2015年的数据表明我国现行的税收结构中大约有70%的税收收入来源于间接税，远超出经合组织（OCED）成员国的税收比例，体现出税收结构缺乏科学性。
　　2.税收征管缺乏公平性。税收征管缺乏公平性主要体现在以下方面：第一，税收征管缺乏力度。由于纳税人偷税漏税成本较低，加之我国税法立法尚不完善，内容存在较多漏洞，将给违反税法的犯罪分子以可乘之机。第二，税收征信体系建设尚不完善。税收征管缺乏科学性还体现为我国当前对个人所得税的征收对象主要集中在上班一族，而对一些自由职业者、具有大额投资收益的来源者、个体经营者则由于当前我国个人和企业征税信息系统存在缺失、财政收入和支出尚未形成全国统一的共享平台无法对此征税。
　　3.地方税收结构不合理，制约当地经济持续健康发展。地方政府最主要的税收收入来源是共享税，“营改增”后，地方主体税种缺失，导致地方税收收入减少。此现象势必将引致地方政府很难平衡消费服务和之间的天平。其次，房地产相关的税收与流转税之间的密切联系将引致地方政府对房地产行业的过度关注和支持，房地产泡沫和投机行为由此产生。

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