1.考试试题不同
金融硕士：思想政治理论 英语一或英语二 数学三（统考）或396经济类联考综合 金融学综合
金融学硕士：思想政治理论 英语一 数学三（统考） 经济学
 
2.培养方式不同
金融硕士：应用型硕士 学制2年 自费
金融学硕士：学术型硕士 学制一般3年 公费或自费或委培
 
3.课程设置不同
在课程设置上金融学硕士作为学历教育，重点是基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的掌握和学习
金融硕士作为职业教育，则更多偏重于实务，学习的目的是为了解决实际工作中的问题。
 
4.导师制度不同
按照教育部指导规划，专业硕士采取双导师制度，即社会导师和校内导师双导师。
 
随着硕士招生体制的改革不断推进，专硕已经开始于学硕并驾齐驱，后者注重研究型人才培养，前者注重应用培养，各有所长；从中央财经、人大10级会计专硕的就业趋势来看，完全不逊于学硕。金融专业本身就具有实践性强的特点，两年的全日职专业硕士(学硕一般三年)的培养方式更能满足就业的需要。长期以来社会上一直存在大学教育与社会实践脱节的批评，专业硕士的出台有利于改善这种状况。