合法扣税凭证的种类有：增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）；海关进口增值税专用缴款书；农产品收购发票；农产品销售发票；代扣代缴税款的完税凭证。纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
可作进项税额抵扣的增值税扣税凭证有以下7种，分别是： 1.增值税专用发票
从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。
2.机动车销售统一发票
从销售方取得的税控机动车销售统一发票上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。
3.海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。
4.农产品收购发票或销售发票
购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和扣除率计算的进项税额。
5.解缴税款完税凭证
从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣。
6.道路、桥、闸通行费
根据《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔2017〕90号）第七条规定：
通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。
7.旅客运输凭证
根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第六条规定：
纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：
（1）取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额；
（2）取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：
航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%
（3）取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：
铁路旅客运输进项税额=票面金额÷（1+9%）×9%
（4）取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3% 以上就是【合法扣税凭证的种类有哪些】的全部解答，如果想要学习更多相关知识，欢迎大家前往高顿教育官网！