增值税专用发票，农副产品收购发票，海关专用增值税缴款书，免税的农副产品销售发票。增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票、运输费用结算单据，以及使用税控系统开具的机动车销售统一发票。
增值税扣税凭证是增值税抵扣的合法、有效凭据，增值税扣税凭证有五类，具体包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票和税收缴款凭证等：
增值税专用发票。增值税专用发票从销售方或者提供劳务或服务方取得的增值税专用发票，含货物运输业增值税专用发票、税控机动车销售统一发票。另外还包括小规模纳税人从税务机关代开的增值税专用发票。增值税抵扣依据为增值税专用发票上注明的增值税额。 海关进口增值税专用缴款书。即从海关取得的海关进口增值税专用缴款书。抵扣依据为进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。对海关代征进口环节增值税开具的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称的，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称，只准取得专用缴款书原件的单位抵扣税款。申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税。 农产品收购发票。即纳税人直接向农业生产者收购农副产品开具的收购发票。增值税抵扣依据按照农产品收购发票金额和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：进项税额=＝买价×扣除率。买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票上注明的价款。“自行开具、自行抵扣”必须是农业生产者销售的自产农业产品。
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