开具农产品收购发票时其税率是：农产品收购本身是免税的，农副产品收购发票可以按发票票面金额抵扣9%进项税率。收购金额*9%，这就是进项抵扣的金额。
纳税人销售货物或者应税劳务适用免税规定的，可以放弃免税，依照条例的规定缴纳增值税。放弃免税后，36个月内不得再申请免税。因此，合作社也可以放弃免税，以取得专用发票的使用权。 一般购入免税农产品是不可能取得增值税专用发票的，因为免税项目不允许开具增值税专用发票，只能开普通发票。一般纳税人取得的对方销售免税农产品开具的普通发票，如果对方是小规模纳税人，则这里的小规模纳税人不限于“农业生产者”，其开具的普通发票都可以抵扣；而如果对方是一般纳税人，则该一般纳税人必须是农业生产者，其开具的普通发票才可以抵扣。 进项税额是指纳税人购进货物或应税劳务所支付或者承担的增值税税额。所说购进货物或应税劳务包括外购（含进口）货物或应税劳务、以物易物换入货物、抵偿债务收入货物、接受投资转入的货物、接受捐赠转入的货物以及在购销货物过程当中支付的运费。在确定进项税额抵扣时，必须按税法规定严格审核。
税额抵扣又称“税额扣除”、“扣除税额”，是指纳税人按照税法规定，在计算缴纳税款时对于以前环节缴纳的税款准予扣除的一种税收优惠。由于税额抵扣是对已缴纳税款的全部或部分抵扣，是一种特殊的免税、减税，因而又称之为税额减免。
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