纳税义务人是真正承担纳税义务的人，而扣缴义务人只是因为与纳税人发生了某种经济联系，法律便赋予其代扣代缴或是代收代缴的义务。扣缴义务人只是负有代缴的义务，并不是真正的纳税人。
定义不同
纳税人也称“纳税义务人”、“课税主体”，是税法上规定的直接负有纳税义务的单位和个人。是税款的最终承担者。
扣缴义务人是指非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。 权利不同
纳税人有享受税法规定的减税、免税的权利；有依法申请收回多缴纳税款的权利；在生产、经营发生重大困难时，依法享有申请分期、延期缴纳税款或申请减税、免税的权利；对税务机关不正确的决定有申诉权。对税务机关及其工作人员的不法行为有向其上级主管部门及国家监督、检查机关检举、揭发的权利。 扣缴义务人只是代扣纳税人(注意为纳税人)税款，然后向国库缴纳税款，真正的纳税主体还是纳税人。在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。
填发义务不一样：扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。由此可见，在中国只有在纳税人主动索取扣税凭单时，扣缴义务人才填发。如纳税义务人不主动索取，则扣缴义务人不必填发。
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