应用控制的内容是包括检查数据计算的准确性，审核账户和试算平衡表，设置对输入数据和数字序号的自动检査，以及对例外报告进行人工干预。应用控制是“一般控制”的对称。审计方面对电子数据处理系统的输入、处理和输出等处理过程所进行的控制。
内容主要包括：(1)输入控制，即为了防止或及时发现输入错误的数据或数据在输入过程中发生错误，保证全部原始数据都能正确、完整、合法地输入电子计算机而建立的控制，如对原始数据进行审查、整批控制，两次录入控制、顺序号检查、合理性检查、数据类型检查、错误更正控制等。 (2)处理控制，即为了保证数据输入计算机后在机内得到正确的传送和处理而建立的控制，如文件标号控制，限度检查及范围检查，代码有效性检查以及处理总数控制等。
(3)输出控制，即为了保证系统输出结果的可靠性，输出格式的正确性以及将处理结果及时分送给合法的接受者而对系统的输出过程进行的控制，如对输出结果的分析与检查，控制总数的比较以及设置输出结果登记簿等。 应用控制是针对具体业务的控制。即使计算机得以正常运行，如果在针对具体业务进行应用控制时输入的应用程序、数据等不正确，也难以达到控制目的。信息技术应用控制是指主要在业务流程层面运行的人工或自动化程序，与用于生成、记录、处理、报告交易或其他财务数据的程序相关。具体而言，应用控制关注信息处理目标的四个要素：完整性、准确性、经过授权和访问限制以及与应用控制相对应的手工控制。
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