为了核算各种专项资金的实际支出数，事业单位应该设置“专款支出”账户。该账户属于支出类账户，借方登记单位指定的项目或用途实际开支的料、工等费用，贷方登记专款资金支出收回数。平时，借方余额反映专款支出的累计数。
该账户应按专款的项目设置明细账进行明细核算。事业单位按指定的项目或用途开支工料费，借记“专款支出”科目，贷记“银行存款”、“材料”等科目;项目完成，向有关部门单独列报时，借记“拨人专款”科目，贷记“专款支出”科目。
专项资金支出核算内容
专项资金支出的核算对象一般以拨款单位指定的科研课题、项目为对象，据以反映和核算在进行研制，试验和推广等过程中所发生的一切费用。其费用分为两部分：一是直接费用，即直接进入有关课题、项目支出明细账的费用;二是间接费用，期终按一定标准分摊记入各课题、项目中去的费用。 专项支出的核算内容，可以根据课题项目的规模，按费用的性质和核算的要求进行分类，设置若干费用项目。其中科研课题的核算内容一般可以分为：
(1)专用业务费：课题等在研制、试验等过程中发生的各种业务费用，如技术资料费、印刷费、会计费。
(2)设备购置费：专门为某课题支出的专项设备等购置费用。
(3)材料动力费：课题所耗费的各种材料和电力、油料费用。
(4)外协费：课题进展过程中与外单位发生的各种协作费用，如有关零件的加工费等。 管理要求
(一)专款专用：专项资金支出按照指定的用途使用，不得改变用途挪作他用。
(二)按实列报：专项资金支出应以实际支出数列表支出，拨出单位不能以拨作支，用款单位不能以领代报。
(三)单独核算：事业单位收到的拨入专项资金应该存入银行，及时入账，另立明细账户，单独核算。
(四)专项结报：要根据拨款单位的要求，及时报送资金使用情况和事业成果报表。事后，要专项办理报销手续，将余款交回或由用款单位按拨款单位的规定处理。
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