其主要区别在于：资本公积为全体股东投入资本，而盈余公积属于企业留存收益。

　　资本公积是由股东投入的但因故不能计入实收资本（或股本）中的那部分投入资金。以及企业在经营过程中，根据企业会计制度的规定，应当计入资本公积的那部分数额。包括：资本（或股本）溢价、接受捐赠非现金资产准备、接受现金捐赠、股权投资准备、拨款转入、外币资本折算差额、其他资本公积。这里，经营活动中按规定计入资本公积的数额，不是由企业创造的利润带来的。从总体上来说，资本公积属于投入资本，归全体股东按投资比例所有。除某些项目以外，资本公积可以转增资本。

　　盈余公积是指企业根据法律法规的规定和企业权力机构的决议，从企业税后利润中提取的各类盈余准备。包括：法定盈余公积金、任意盈余公积金、法定公益金、储备基金、企业发展基金、利润归还投资等。盈余公积是企业从企业创造的利润中提取的，属于留存收益范畴。盈余公积在保留法定余额的前提下，企业可以用于转增资本、分派股利、弥补亏损等。