增值税专用发票和普通发票在印制机关，联次，抵扣进项税额，发票内容等方面都有不同。而且只有一般纳税人和具有自开专票资格的小规模纳税人才能开具增值税专用发票，而一般的小规模企业只能开具普通发票。

　　1、印制机关

　　根据新的《税收征管法》第二十二条规定：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。

　　2、联次

　　增值税专用发票有四联，增值税普通发票只有三联

　　3、抵扣进项税额

　　增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，还可以用作购买方（增值税一般纳税人）扣除增值税的凭证，具有商事凭证作用的同时，也具备完税凭证的作用。

　　4、发票内容

　　专用发票除了具备普通发票的内容以外，还增加了纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等。