纳税人允许退还的增量留抵税额公式：允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。

根据《财政部税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》(财政部税务总局公告2019年第84号)的规定，部分先进制造业纳税人计算允许退还的增量留抵税额时，取消了60%退税比例的限制。具体公式为：

部分先进制造业纳税人允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例。