成本分摊协议是两个以上企业议定的框架，用以确定各方在研发、生产或获得资产、劳务和权利承担的成本和风险，确定资产、劳务和权利的各参与者利益的性质和范围。

企业与其关联方签署成本分摊协议，有下列情形之一的，其自行分摊的成本不得税前扣除：（一）不具有合理商业目的和经济实质；（二）不符合独立交易原则；（三）没有遵循成本与收益配比原则；（四）未按本办法有关规定备案或准备、保存和提供有关成本分摊协议的同期资料；（五）自签署成本分摊协议之日起经营期限少于20年。

具体办法请对照《特别纳税调整实施办法》第七章中的"成本分摊协议管理"相关条款。

我国现行企业所得税法实行法人税制，总分机构企业所得税实行汇总纳税办法，所以通常情况下，这种费用的分摊只是法人内部事务，对企业所得税纳税没有影响。

但如果总分机构涉及到境外机构的，企业所得税法上是将境外机构作为非居民纳税人管理的，可能会涉及到代扣代缴企业所得税问题。

成本分摊协议是指两个以上企业之间议定的一项框架协议，用以确定各方在研发、生产或获得资产、劳务和权利等方面承担的成本和风险，并以此确定在这些资产、劳务和权利下各方应享有的利益的性质以及范围。成本分摊协议一般涉及无形资产和劳务两种类型。

在传统的交易模式下，一些本地子公司会被视为研发服务的提供商，以成本加成一定比例的定价方法向母公司或其他海外关联方收取服务费。而研发形成的无形资产则由海外关联公司拥有，本地子公司在需要使用无形资产时必须支付特许权使用费。在劳务方面，海外关联公司和本地子公司之间可能会有相互提供跨境服务交易的情况，通常以成本加成一定比例的定价方法相互收取服务费。

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