先查看损失的原因，因管理不善造成的计入管理费用，因自然灾害造成的，计入营业外支出，因个人原因在造成的，需要个人赔偿的，计入其他应收款。会计准则规定，存货发生盘亏和损毁，应按其成本转入“待处理财产损溢-待处理流动资产损溢”科目。
期末再根据造成的原因分别按以下情况进行处理：
1.属于自然损耗产生的定额内损耗，计入管理费用;
2.属于计量收发差错和管理不善等原因造成的，应先扣除残料价值与可以收回的保险赔偿和过失人的赔偿，然后将净损失计入管理费用。 3.属于自然灾害或意外事故等非常原因造成的存货毁损，应先扣除残料价值与可以收回的保险赔偿和过失人的赔偿，然后将净损失计入营业外支出。
税收政策对非正常损失所涉及的进项税额，按照《增值税暂行条例》规定应作进项税额转出处理。在企业所得税申报时，转出的增值税进项税额及非正常损失一起可按《企业财产损失所得税前扣除管理办法》规定，扣除责任人赔偿后的余额部分，经税务机关审批认定为财产损失，允许在所得税前扣除。
对于存货损失的处理，会计监管:预期存货可能遭受损失或市场价格的损失，在会计历史上“谨慎”，企业在最后对存货进行减记，但是税法将不予批准。对于正常的股票损失，会计处理相当于税法，直接从今年的利润中扣除;存货异常损失有两个主要原因:(1)自然灾害损失;(2)因管理不善造成的盗窃、霉变、变质所造成的损失。 前者在扣除保险公司赔偿后的“非营业费用”中，扣除相关责任人的赔偿后，计入“行政费用”。但是“自然灾害损失”必须是“不可知、不可控制和后来的证据”的损失。对于无法解释的损失，只能归因于“管理不增值税:按照增值税规定，不得从生产税额中扣除企业非正常损失的货物。在非正常损失发生前，如果企业有增值税抵扣货物的实际抵扣，应在货物的流通中出现异常损失，将是货物的进项税额转移。
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