存货损失的处理上，会计制度规定：由于预见存货可能遭受损失或不合市价，出于会计上的“谨慎性”，企业在期末要计提“存货跌价准备”，但税法上不予认可；对于正常的存货损失，会计处理等同于税法，在本年利润中直接扣除；对于存货的非正常损失，会计上分两种情况在本年利润中直接扣除。
对盘盈和盘亏的存货,扣除责任人赔偿后的差额部分，依据下列证据，认定为损失：：1.存货保管人对于盘盈和盘亏的情况说明；
2.盘盈存货的价值确定依据（包括相关入库手续、相同相近存货采购发票价格或者其他确定依据）； 3.盘亏存货的价值确定依据；
4.企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件。
对报废、毁损的存货，将其账面价值扣除残值及保险赔偿或责任人赔偿后的差额部分，依据下列证据，认定为损失：：1.企业内部关于存货报废、毁损情况说明及审批文件；
2.残值情况说明；
3.企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件。对被盗的存货，将其账面价值扣除保险理赔以及责任人赔偿后的差额部分，依据以下证据，认定为损失：
（一）向公安机关的报案记录；公安机关立案、破案和结案的证明材料； （二）涉及责任人的责任认定及赔偿情况说明；
（三）涉及保险索赔的，应有保险公司理赔情况说明。对已削价、折价处理的存货，由企业有关部门说明情况，依据有关会计凭证将原账面价值与已收回价值的差额部分，认定为损失。对清查出的存货成本高留低转部分，由企业作出专项说明，经社会中介机构进行职业推断和客观评判后出具经济鉴证证明，认定为损失。
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