净现值法缺点是所采用的折现率不易确定;不适宜于对投资额差别较大的独立投资方案的比较决策;净现值有时也不能对寿命期不同的互斥投资方案进行直接决策。
净现值法的优点
1、使用现金流量。公司可以直接使用项目所获得的现金流量，相比之下，利润包含了许多人为的因素。在资本预算中利润不等于现金。 2、净现值包括了项目的全部现金流量，其它资本预算方法往往会忽略某特定时期之后的现金流量。如回收期法。
3、净现值对现金流量进行了合理折现，有些方法在处理现金流量时往往忽略货币的时间价值。如回收期法、会计收益率法。
净现值法的缺点
(1)资金成本率的确定较为困难，特别是在经济不稳定情况下，资本市场的利率经常变化更加重了确定的难度。 (2)净现值法说明投资项目的盈亏总额，但没能说明单位投资的效益情况，即投资项目本身的实际投资报酬率。这样会造成在投资规划中着重选择投资大和收益大的项目而忽视投资小，收益小，而投资报酬率高的更佳投资方案。
在净现值法的基础上考虑风险，得到两种不确定性决策方法，即肯定当量法和风险调整贴现率法。但肯定当量法的缺陷是肯定当量系数很难确定，可操作性比较差。而风险调整贴现率法则把时间价值和风险价值混在一起，并据此对现金流量进行贴现，不尽合理。
另外，运用由CAPM模型确定的单一风险调整贴现率也是不合乎实际情况的，如果存在管理决策的灵活性措施，用固定的贴现率计算净现值就更不准确了。
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