科学支出是指国家用于发展和促进各种科学研究事业的经费支出。用于那些外部效应较强的科学研究支出（主要是基础科学的经费）应由政府承担，而那些可以通过市场交换来充分弥补成本的科学研究支出（主要是应用性研究经费），则可由微观主体来承担。
科技活动经费支出指研究和试验发展阶段与科技活动有关的人、财、物、时间、信息等资源的投入科技经费的总量，不包括产业化阶段的投入。 反映企业开展科学研究与试验发展、科学研究与试验发展成果应用、科技教育与培训及相关科技服务等全部科技活动的支出情况。企业接受外单位委托所开展的科研活动相关支出不作为本企业的科技支出反映。
核算方法：为了总括地核算行政单位在业务活动中发生的各项支出，设置“经费支出”科目。该科目的借方登记实际发生的支出数；贷方登记支出收回或冲销数；平时该科目的借方余额反映经费实际支出累计数；年终转账后，该科目无余额。
发生支出时的借记“经费支出”科目，贷记“银行存款”、“现金”等有关科目；支出收回或冲销转出时，借记有关科目，贷记“经费支出”科目；年终转账时，借记“结余”科目，贷记“经费支出”科目。经费支出采用收付实现制的原则确认，按实际发生数计量。 科技活动具有很强的专业性和不确定性，成效显现有一定的滞后性，因此科技资金管理的复杂程度和难度很大。当前，我国财政科技资金投入力度不断加大，但总体效益仍需提高。
一些科技计划、专项建立了查重机制，但总体覆盖面不够。基础研究主要靠中央财政，地方和企业投入较少，基础研究占R＆D支出比例仍然较低。稳定支持和竞争性支持的协调机制建设进展不平衡，部分地方和领域依然存在稳定支持不足、竞争过度的现象，不利于科研人员潜心研究。
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