经营支出是指事业单位在专业业务及其辅助活动之外开展非独立核算经营活动发生的支出。包括基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、公务费、业务费、设备购置费、修缮费和其他费用等。

为加强对经营支出的管理，考察事业单位经营活动的成果，事业单位也可在经营支出的管理中采用内部成本管理办法，即参照企业成本管理的方式、成本开支的范围制定具体的成本核算办法，计算出开展每项经营活动的成本费用。为保证国家事业财务管理体系的统一性和完整性，实行内部成本管理的事业单位，其成本费用应与经营支出科目相衔接，以便按支出用途将所有支出归集到经营支出的相关科目中。具体实施办法可参见“事业支出”条目中的相关内容。

设置“经营支出”科目。依据权责发生制或收付实现制确认。发生经营支出时，借记本科目，实行内部成本核算的事业单位结转已销经营性劳务成果或产品时，按实际成本借记本科目。期末将本科目余额全部转入“经营结余”科目，结转后，本科目无余额。本科目应按经营业务的主要类别设置明细账，并按基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、助学金、公务费、业务费、设备购置费和其他费用等进行明细核算。