政府审计和注册会计师审计不同分为目标和对象不同、标准不同、经费和收入来源不同、取证权限不同、对发现问题的处理方式不同五种。按审计活动执行主体的性质分类，除政府审计、独立审计（包括注册会计师审计）外，还有内部审计。
1．两者的审计目标不同。政府审计是对被审计单位的财政收支或者财务收支的真实、合法和效益依法进行的审计；注册会计师审计是注册会计师对财务报表是否按照适用的会计准则和相关会计制度的规定编制进行的审计。 2．两者的审计标准不同。政府审计是审计机关依据《中华人民共和国审计法》和国家审计准则等进行的审计；注册会计师审计是注册会计师依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则进行的审计。
3．两者的经费或收入来源不同。政府审计履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。注册会计师的审计收入来源于审计客户，由注册会计师和审计客户协商确定。
4．两者的取证权限不同。审计机关有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料，有关单位和个人应当支持、协助审计机关工作，如实向审计机关反映情况，提供相关证明材料；注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计单位及相关单位的配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。 5．两者对发现问题的处理方式不同。审计机关审定审计报告，对审计事项做出评价，出具审计意见书；对违规国家的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内做出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。注册会计师对审计过程中发现需要调整和披露的事项与管理层沟通。
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