注册会计师审计过程有三个阶段。分别是：第一阶段：计划阶段，第二阶段：实施阶段，第三阶段：完成阶段。
第一阶段：计划阶段
（一）初步评价被审计单位的内部控制系统
（二）分析审计风险
（三）编制审计计划
第二阶段：实施阶段
（一）进驻被审计单位
（二）进一步检查和评价内部控制系统
（三）审查会计报表及其所反映的经济活动
（四）收集审计证据
第三阶段：完成阶段
（一）全面评估错报风险，整理、评价审计证据
（二）复核审计工作底稿
（三）形成审计结论，出具审计报告。