注册会计师审计共经历四个发展阶段。详细审计、资产负债表审计、会计报表审计以及现当代注册会计师审计。每个阶段的注册会计师审计形成时间、审计对象、审计目的、审计方法、报表使用人等都有所不同。
详细审计：审计对象会计科目；审计目的查错防弊；主要运用对会计账目经行详细审计的方法。这个时期的注册会计师在法律上得到了确认地位，报表使用人主要是股东。
资产负债表审计：资产负债表审计发展；审计对象是账目及资产负债表；审计目的是判断企业信用状况；审计方法详细审计初步转向抽样审计；报表使用人主要有股东、债权人。
会计报表审计：审计对象是以资产负债表和收益表为中心的全部会计报表及相关财务资料，审计目的为了对会计报表发表审计意见，以确定会计报表的可能性，差错防弊转为次要目的，审计方法主要采用测试相关的内控，广泛采用抽样审计，而此时期的审计准则开始拟定，审计工作向标准化、规范化过度，注册会计师资格考试制度广泛推行，此阶段的报表使用人已经是社会公众了。
现当代注册会计师审计：抽样审计方法得到普遍运用，制度基础审计方法得到推广，计算机辅助审计技术得到广发采用，此时期的注册会计师审计业务扩大到代理纳、会计服务、管理咨询等领域。