两者的审计目标不同。内部审计主要是对内部控制的有效性、财务信息的真实性和完整性以及经营活动的效率和效果所开展的一种评价活动；注册会计师审计主要对被审计单位财务报表的真实性（或合法性）和公允性进行审计。

1．两者独立性不同。内部审计为组织内部服务，接受总经理或董事会的领导，独立性较弱。注册会计师审计为需要可靠信息的第三方提供服务，不受被审计单位管理层的领导和制约，独立性较强。

2．两者接受审计的自愿程度不同。内部审计是代表总经理或董事会实施的组织内部监督，是内部控制制度的重要组成部分，单位内部的组织必须接受内部审计人员的监督。注册会计师审计是以独立的第三方对被审计单位进行的审计，委托人可自由选择会计师事务所。

3．两者遵循的审计标准不同。内部审计人员遵循的是内部审计准则；而注册会计师遵循的是注册会计师审计准则。

4．两者审计的时间不同。内部审计通常对单位内部组织采用定期或不定期审计，时间安排比较灵活；而注册会计师审计通常是定期审计，每年对被审计单位的财务报表审计一次。

注册会计师审计是指具有审计资格的会计师事务所的注册会计师出具的关于企业会计的基础工作即计量，记账，核算，会计档案等会计工作是否符合会计制度，企业的内控制度是否健全等事项的报告，是对财务收支、经营成果和经济活动全面审查后作出的客观评价。

注册会计师办理下列会计查帐验证业务：

一、审查会计帐目、会计报表和其他财务资料，出具查帐报告书；

二、验证企业的投入资本，出具验资报告书；

三、参与办理企业解散、破产的清算事项；

四、参与调解经济纠纷，协助鉴别经济案件证据；

五、其他会计查帐验证事项。
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