机构设置：

1.14个内设机构：办公厅、法规司、财政审计司、行政事业审计司、农业与资源环保审计司、固定资产投资审计司、金融审计司、企业审计司、社会保障审计司、外资运用审计司、经济责任审计司、国际合作司、境外审计司、人事教育司。

2.机关党委负责机关、派出审计局和在京直属单位的党群工作。离退休干部办公室负责机关、派出审计局的离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。（另有：中央纪委、监察部驻审计署纪检组、监察局）

3.7个直属事业单位：计算机技术中心、机关服务局、审计科研所、干部培训中心、中国时代经济出版社、中国审计报社、国外贷款项目审计服务中心。

4.25个派出审计局：外交外事审计局、发展统计审计局、教育审计局、科学技术审计局、工业审计局、民族宗教审计局、政法审计局、监察人事审计局、民政社保审计局、财税海关审计局、资源环保审计局、建设审计局、交通运输审计局、农林水利审计局、贸易审计局、文化体育审计局、卫生药品审计局、国资监管审计局、经济执法审计局、广电通讯审计局、新闻报刊审计局、旅游侨务审计局、科学工程审计局、地震气象审计局、宣传审计局。

5.18个驻地方特派员办事处：京津冀特派员办事处、太原特派员办事处、沈阳特派员办事处、哈尔滨特派员办事处、上海特派员办事处、南京特派员办事处、武汉特派员办事处、广州特派员办事处、郑州特派员办事处、济南特派员办事处、西安特派员办事处、兰州特派员办事处、昆明特派员办事处、成都特派员办事处、长沙特派员办事处、深圳特派员办事处、长春特派员办事处、重庆特派员办事处。
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