特殊性税务处理是指区别于一般的税法对企业经营业务的处理，不按照税法对资产、负债和经营活动的一半规定。实质上是对企业的一种照顾。并不是说符合特殊性税务处理得条件就可以不交所得税了。对非股权支付的部分仍应确认转让的所得或损失。比如说，税法一般规定以非货币资产清偿债务，应当分解为转让相关非货币性资产、按非货币性资产公允价值清偿债务两项业务，确认相关资产的所得或损失。但如果 企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：
　　（一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
　　（二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
　　（三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
　　（四）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。
　　（五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
　　企业重组符合上述规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理。
　　重组交易各方按特殊性税务处理规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
　　非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）

一般性税务处理与特殊性税务处理 　　从税收方面分析，对于合并方来说，主要是一种支付行为，所以一般不涉及税收问题（非货币性资产支付一般需要视同销售）；对于被合并方来说，企业被合并注销后，企业资产被兼并转移，企业股东获得收入，因此，被合并企业涉及资产转移的税收问题。财税〔2009〕59号文件第四条第四项规定，企业重组，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，按以下规定进行税务处理：　　（1）合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。　　（2）被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理

企业整体转移，满足非货币支付占整体支付比例；将适用特殊性税务处理的股权收购和资产收购中，被收购股权或资产比例由不低于75%调整为不低于50%。

《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）中债务重组的相关内容如下： 五、企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定： 　　（一）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。 　　（二）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。 　　（三）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。 　　（四）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。 　　（五）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。 　　六、企业重组符合本通知第五条规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理： 　　（一）企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。 　　 企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变