1、流转税的地方管理权限问题。重复征税，税负不公，实际税负与名义税负相差悬殊，实质上是地方流转税设置不科学、不合理。如房地产开发行业，土建部分要交3%的建筑安装营业税，售房要交5%的销售不动产营业税，同一对象流转税税负达到8%点多。

　　2、管理目标错位问题。中国税收管理目标一直定位于完成或超额完成税收收入任务，以任务评优劣，以任务定奖惩，任务压到一切。单纯的“收入观”妨碍了一些优惠政策的落实。同时，主观上的“不能作为”思想，造成了实际工作中的照本宣科，因信守旧。管理方法“简单化”、“一刀切”，缺乏调查研究，缺乏创新意识。

　　3、税源管理环节薄弱。表现在对税源总量掌握不准，税源管理不规范等。市、县、分局对税源管理没有形成一套科学的、系统的、规范的监控体系，在税源管理上存在重轻偏差现象：重个体税收轻企业税收、重固定户税收轻流动户零散税收、重显性税收轻隐性无店面税收。同时，企业改制过程中税收流失比较严重。

　　4、管理措施、技术手段落后。科技手段缺乏，信息化程度不高，没有一套科学、完整的管理程序和办法，各税种的管理也是单独的操作软件，基本上还是手工化。一是数据的统计、分析、传递、比对的质量和效率不高；二是税收政策和管理办法的收集、归类、查询不规范、不全面、不方便。

　　5、纳税评估流于形式。现行的纳税评估纯粹是看看报表，没有外部信息资料，甚至没有上年信息资料，涉税信息渠道不畅，税务机关与有关部门之间的信息不能有效共享，相当部分是凭印象，起不到真正意义上的评估作用。缺乏有效机制、专职机构和专职队伍。

　　6、服务意识不强、工作效率不高。部分干部业务素质不高，具有太多的优越感，没有忧患意识，自我满足。部分干部责任意识不强，服务意识不强，工作效率不高。部分干部得过且过，不思进取。