1949年9月25日，中国人民解放军*9兵团卫生学校（原石河子医学院前身）在甘肃兰州成立。
 
　　1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院（原石河子农学院前身）在石河子成立。
 
　　1959年冬，新疆军区生产建设兵团会计培训队（原新疆生产建设兵团经济专科学校前身）在乌鲁木齐成立。
 
　　1960年9月，新疆军区生产建设兵团师范专科学校（原新疆生产建设兵团教育学院、师范专科学校前身）在石河子成立。
 
　　1990年，国务院学位委员会批准石河子农学院为硕士学位授予单位，设立4个硕士学位点：农业水土工程、作物栽培学与耕作学、植物病理学、农业经济管理。
 
　　1996年9月11日，农业部部属的石河子农学院与石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学。
 
　　2000年8月19日，石河子大学列入西部大开发重点建设大学。
 
　　2001年9月7日，北京大学和石河子大学签订《北京大学对口支援石河子大学暨全方位合作协议书》。
 
　　2002年4月20日，石河子大学开始招收留学生，首批22名学生来自巴基斯坦。
 
　　2003年9月8日，国务院学位委员会批准石河子大学为博士学位授予单位，设立作物栽培学与耕作学、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理3个博士学位点。
 
　　2004年5月25日，教育部与新疆生产建设兵团决定共建石河子大学。
 
　　2004年，石河子大学成为新疆*9个通过教育部本科教学工作水平评估的高校。
 
　　2005年4月13日，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部“援疆学科建设计划”，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学的支援。
 
　　2005年6月16日，新疆军区与石河子大学签署依托培养协议，学校开始为部队培养后备军官。
 
　　2008年12月31日，石河子大学进入国家“211工程”重点建设高校行列。

 
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