1999年，盖茨和他的妻子将威廉·H·盖茨基金会更名为比尔·梅琳达-盖茨基金会，并表示该基金会的宗旨是:减少全球存在的不平等现象。
　　2000年11月，盖茨第三次成为《连线》杂志封面人物。在这期杂志中，《连线》披露了微软反垄断官司背后诸多鲜为人知的故事。
　　2005年3月2日，盖茨在英国白金汉宫接受英国女王授予的骑士荣誉勋章，此前，鲁迪·朱利安尼（Rudy Giuliani，前纽约市市长）等人曾获得这一殊荣。自此以后，盖茨有资格在自己姓名后面加上字母“KBE”（英帝国爵级勋章）。
　　2005年9月14日，盖茨制作了名为《大人物拿破仑》的恶作剧视频，并在一次软件开发者大会展示。在该视频中，盖茨重新回到了大学校园，并穿着一件圆领衫，上面写着“支持鲍尔默”的字样。
　　2005年12月，盖茨夫妇、爱尔兰U2乐队主唱波诺（Bono）当选为美国《时代》周刊2005年度人物。2006年6月15日，盖茨对外宣布，将在今后两年内退出微软日常管理工作。
　　2006年6月26日，在得到好友巴菲特300多亿美元的捐款后，比尔·梅琳达-盖茨基金会资金规模扩大了一倍，并成为全球*9大慈善基金会。
　　2007年6月7日，50岁的哈佛肄业生盖茨获得哈佛大学荣誉博士学位
　　2008年3月，在《福布斯》当月发布的全球亿万富翁排行榜上，盖茨名列第三，个人财富为580亿美元。前两名分别为好友巴菲特和墨西哥电信大王卡洛斯·斯利姆·赫鲁（Carlos Slim Helu）。

 
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