1994年8月，全区各地、市、县实行分税制财政管理体制，自治区税务局分设国家税务局和地方税务局，宁夏回族自治区国家税务局成立。宁夏回族自治区国家税务局主要负责辖区内增值税、消费税、中央企业所得税、地方和外资银行及非银行金融企业所得税、证券交易税（暂未开征）、境内外商投资企业和外国企业的各项税收以及外籍人员（华侨、港澳台同胞）缴纳的个人所得税（按税种分别入中央库和地方库）、出口产品退税的管理、集贸市场和个体户的各项税收（按税种分别入中央库和地方库）、中央税的滞补罚收入、按中央税、共享税附征的教育费附加（入地方库）、国家能源交通重点建设基金、国家预算调节基金共11项税的征收管理。固原、海原、西吉、隆德、彭阳、泾源、同心、盐池、惠农、陶乐等10县未设置地方税务局，地方各税由当地国家税务机构代征。自治区国家税务局机关内设10个行政机构、3个党群机构、5个事业单位。