学校以科学前沿和国家重大战略需求为导向，以学科交叉为核心，建设了一批高水平的国家级和省部级科研机构。
 
　　科学技术部
　　合肥微尺度物质科学国家实验室（筹）
　　火灾科学国家重点实验室
　　核探测与核电子学国家重点实验室
　　国家高性能计算中心(合肥)
　　安徽蒙城地球物理国家野外科学观测研究站
　　国家发展和改革委员会
　　国家同步辐射实验室
　　语音及语言信息处理国家工程实验室
　　稳态强磁场科学中心
　　科普产品国家地方联合工程研究中心
　　中国科学院
　　中国科学院国家数学与交叉科学中心—合肥分中心
　　中国科学院量子信息重点实验室
　　中国科学院壳幔物质与环境重点实验室
　　中国科学院近地空间环境重点实验室
　　中国科学院材料力学行为和设计重点实验室
　　中国科学院能量转换材料重点实验室
　　中国科学院星系宇宙学重点实验室
　　中国科学院软物质化学重点实验室
　　中国科学院脑功能与脑疾病重点实验室
　　中国科学院网络传播系统与控制重点实验室（培育建设）
　　中国科学院吴文俊数学重点实验室
　　中国科学院电磁空间信息重点实验室
　　中国科学院空间信息处理与应用系统技术重点实验室
　　中国科学院无线光电通信重点实验室
　　中国科学院强耦合量子材料物理重点实验室
　　中国科学院天然免疫与慢性疾病重点实验室
　　中国科学院城市污染物转化重点实验室
　　中国科学院太阳能光热综合利用研究示范中心
　　中国科学院量子技术与应用研究中心
　　中国科学院结构分析重点实验室
　　中国科学院结构生物学重点实验室
　　中国科学院选键化学重点实验室
　　中国科学院热安全工程技术研究中心
　　中国科学院核能安全技术研究所
 
　　教育部
　　2011计划
　　量子信息与量子科技前沿协同创新中心
　　多媒体计算与通信教育部—微软重点实验室
　　安徽省
　　高性能计算安徽省重点实验室
　　分子医学安徽省重点实验室
　　光电子科学与技术安徽省重点实验室
　　计算与通讯软件安徽省重点实验室
　　生物质洁净能源安徽省重点实验室
　　安徽公共安全科学技术省级实验室
　　安徽细胞动力学与化学生物学省级实验室
　　金融信息研究安徽省重点实验室
　　安徽省生物质能源工程技术研究中心
　　安徽省量子信息工程技术研究中心
　　安徽省污水处理工程技术研究中心
　　先进功能材料安徽省重点实验室
　　物理电子学安徽省重点实验室
　　网络传播系统与控制安徽省重点实验室
　　无线网络通信安徽省重点实验室
　　生物技术药物安徽省工程技术研究中心
　　城市公共安全协同创新中心
　　先进技术与产业协同创新中心
　　微电子与光电子技术研究院
　　安徽省医药生物研究院
　　安徽省高校人文社科重点研究基地—科学传播研究与发展中心
　　安徽省高校人文社科重点研究基地—工商管理创新研究中心
　　安徽省高校人文社科重点研究基地—科技史与文化遗产研究中心
　　安徽省语音及语言技术工程实验室
　　安徽省热安全工程研究中心
 
　　合肥市
　　合肥公共安全研究院
　　合肥语音技术研究院
　　合肥光热光伏研究院
　　合肥现代显示研究院
　　合肥市水性涂料工程技术研究中心
　　合肥市配电网通信及智能终端工程技术研究中心
 
　　其他
　　核探测技术与核电子学联合实验室(与中科院高能物理研究所共建)
　　化学物理联合实验室（与大连化学物理研究所共建）
　　智能科学与技术联合实验室（与中科院自动化研究所共建）
　　蛋白质科学联合实验室（与中科院生物物理研究所共建）
　　网络与通信联合实验室（与中科院沈阳计算技术研究所共建）
　　星系和宇宙学联合实验室（与中科院上海天文台共建）
　　绿色合成化学联合实验室（与中科院上海有机化学研究所共建）
　　数学物理联合实验室（与中科院武汉物理与数学研究所、应用数学研究所共建）
　　网络传播系统与控制联合实验室（与中科院声学研究所共建）
　　科技传播研究所（与中科院科学时报社共建）
　　强子物理研究中心（与兰州重离子国家实验室共建）
　　新能源材料联合实验室（与中科院上海硅酸盐研究所共建）
　　无机固体联合实验室（与中科院福建物质结构研究所共建）
　　高分子薄膜与溶液联合实验室（与中科院长春应用化学研究所共建）
　　分析化学研究伙伴小组（与中科院长春应用化学研究所共建）
　　超精密控制与系统联合实验室（与中科院长春光学精密机械与物理研究所共建）
　　微纳电子系统集成研究中心（与中科院微电子研究所共建）
　　环境污染控制联合实验室 （与中科院城市环境研究所）
　　生物质催化转化联合实验室（与中科院广州能源研究所）
　　高能量密度物理联合实验室（与中国工程物理研究院八所共建）
　　膜技术和膜材料联合研究中心（与黄山永佳（集团）有限公司共建）

 
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