国税函[2009]285号文规定明确办理纳税（扣缴）申报的时间分两种情况：
 
1）、股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
 
2）、股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
 
备注：国税函[2009]285号出台此条的背景：自然人转让股权多是私下进行，交易完成款项打入私人腰包，基本无帐可查，并且税务部门只有在纳税人变更完营业执照到税务机关变更税务登记时才知晓相关情况，时间相对滞后，造成税务部门基本无法对自然人股东转让股权行为实施有效监管。作为纳税人的股权转让方来讲，税法对扣缴义务人没有按规定代扣代缴时，没有明确规定纳税人应该自行向税务机关进行申报纳税。客观上也造成了只有少数纳税人对股权转让所得进行了申报，而绝大多数纳税人没有进行申报。当然，也不能排除有自然人亏损转让股权而没有进行申报的情形。

 
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