零余额帐户指财政部门或财政部门为预算单位在商业银行开设的用于办理预算资金支付清算的账户，其日终余额在与设立在中央银行的国库单一账户清算后结零。
当符合预算规定的商品或劳务政府购买活动已经发生或完成，财政部门或其授权的预算单位向零余额账户发出支付指令，零余额账户在向商品或劳务供应商支付后，于日终前向国库单一账户申请清算，由国库单一账户将资金支付到零余额账户。
从财政集中支付的目的来看，零余额账户作为过渡性支付清算账户，其核心是零余额，即账户日终余额必须始终保持为零，以此保证国库单一账户对预算资金的集中管理，体现国库单一账户对支付的集中控制。正是由于这一性质，世界各国把这一账户称为零余额账户。 作用
1、零余额账户是连接国库单一账户与商品或劳务供应商账户的纽带，代理国库单一账户对商品或劳务供应商的支付。
2、零余额账户是实现对预算资金最终付款控制的必要的技术手段。零余额账户的零余额特性，使得所有预算资金得以集中控制在国库单一账户，从而克服传统的因分散、重复设置账户而导致的预算资金大量滞留于预算单位以及由此引发的一系列弊端。
3、建立国库单一账户体系，实行财政集中支付后，预算单位原有的在商业银行开设的存款账户都将被取消，而零余额账户可以作为这些传统账户的替代。
设置方法
省级一级预算单位及无主管部门的行政事业单位，须填写《银行账户审批表》报省财政厅（基层预算单位填写《银行账户审批表》，报主管部门，主管部门还须填写《财政授权支付银行开户情况汇总申请表》，连同基层预算单位的《银行账户审批表》一并报省财政厅）；《银行账户审批表》经省财政厅审批后报人民银行，人民银行按规定核发《开户许可证》，预算单位持《开户许可证》，在省财政厅确定的代理银行所属分支机构内，自主选择预算单位零余额账户的开户银行，办理零余额账户开户和印鉴预留手续。
预算单位在改革实施前已由财政拨付的资金，继续在原开设的银行账户中使用和核算；原账户中相关用途的财政资金使用完毕后，从新开设的预算单位零余额账户中按规定支用有关款项。
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