学校是全国人文社会科学普及基地、重庆市社会科学知识普及基地、重庆市科普基地和“三峡库区可持续发展研究中心”人文社科重点研究基地，三峡移民与经济发展研究会等2个市级学会，化工与生物、地质灾害、三峡艺术等24个校级科研所为代表的一批为库区经济服务的特色科研机构；市级高校科研创新团队建设团队和培育团队各1个。
 
　　2007年至2012年来，全校教学科研人员在省级以上学术刊物上发表论文6000余篇，其中核心期刊论文占40%以上；出版学术专著200余部；被SCI、EI等权威文献检录500余篇；学校先后承担国家自然科学、社会科学基金项目16项，承担国家、省市级科研项目680余项，科研经费6000多万元。科研成果先后获教育部高校人文社科优秀成果、重庆市科技进步及社科优秀成果奖25项。
 
　　2012年12月14日，中国知网（CNKI）公布了2011年全国各类期刊的期刊评价指标数据，《重庆三峡学院学报》的期刊综合影响因子首次达到0.333，在全国662家综合性人文、社会科学类期刊中排名第98位，在重庆市属高校学报中排名前列。
 
　　2013年，中国知网公布，2013年《重庆三峡学院学报》综合影响因子0.368，比2012年期刊综合影响因子0.333增加了10.5%；2013年复合影响因子0.531，在中国662家综合性人文、社科学报排名中，继2012年首次进入百强后再次跻身前百强，跃升到第90位，在重庆市属高校学报中排名前列。

 
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