对于应付账款，通常来说企业都是趋向于少计，因此，审计时注册会计师应着重关注其完整性。
(1)一般情况下，应付账款不需要函证，这是因为询证函需要依赖被审计单位的会计记录，包括记账凭证、明细账等，如果被审计单位没有对特定采购业务进行会计处理，而是将其予以隐瞒，注册会计师就无法取得编制询证函的依据，从而函证程序不能保证查出未记录的应付账款。
对此需要说明的是，函证只是不能保证查出未入账应付账款，并不是说一定不能查出未入账应付账款。因为注册会计师在对函证对象进行选择时通常选择重要的供应商，而重要的供应商可能是与被审计单位存在长期业务往来的关系，也可能是存在疑问的供应商。通过对这些单位的函证可以直接明确地说明应付账款业务处理是否正确，是否存在纠纷，还可能通过供应商的回函发现被审计单位未入账的应付账款。也就是说，当被审计单位没有入账，而供应商进行了恰当记录时，函证可以查出未入账应付账款。
(2)如果存在下述情况，注册会计师通常应当对应付账款进行函证，但函证的主要目的不在于查找未入账应付账款，而是确认应付账款业务是否存在以及计价是否正确。
① 重大错报风险较高。因为内部控制不健全或者健全的内部控制无法得到恰当执行，则存在应付账款舞弊的可能性就会增加，注册会计师基于谨慎起见应当对应付账款进行函证。
② 应付账款金额较大。这是从重要性角度考虑的，应付账款的金额越大，对财务报表的影响也越大，注册会计师应当对其进行函证。

为了确保银行存款的存在性、真实性。
期末所有的银行账户(包括余额为0的账户)都要函证，当年销户的账户也需要函证。

当债务人符合以下条件时，可以采用否定式函证：（1）相关内控制度是有效的，固有风险和控制风险评估为低水平；（2）预计差错率较低；（3）欠款金额小的债务人数量很多；（4）有理由确信大多数被函证者能认真对待询证，并对不正确的情况予以反馈。