根据上述职责，上海市财政局设18个内设机构。
 
　　办公室
　　综合处理局机关日常政务。负责公文运转、重要会议组织、拟定有关行政管理规章制度并组织实施；负责机要、通讯、督查、信访、保密、档案管理；负责人大代表书面意见、政协委员提案的协调和督办；负责政府信息公开、新闻宣传、网站管理工作；负责财务与资产管理、对外接待、后勤保障及安全保卫工作。
 
　　政策法规处
　　负责推进依法行政综合工作，对本局起草的法规、规章、规范性文件和重大决策及人大意见、政协提案答复的法律审核；组织会签相关法律法规，报送财政立法计划；负责行政复议、行政诉讼、行政处罚听证等工作；组织行政审批改革相关工作；组织清理规范性文件；负责重大案件审查、执法案卷评查；梳理和公开财政执法主体、事项和依据；开展执法人员资格管理；统一编制执法文书。
 
　　人事教育处
　　负责市局机关和直属事业单位的机构设置、职能调整、人员编制管理；负责人员录用、调配、任免、监督、考核、奖励、处分、出国、工资福利、专业技术职务、人事档案（信息）、离退休干部等组织人事管理工作；制定并组织实施市财政系统教育培训规划。　·
 
　　信息技术处
　　编制本市财政系统信息化建设与应用规划，并组织实施；拟订财政信息化建设管理制度、技术标准和规范；承担财政管理应用系统开发和数据利用管理；负责财政信息系统的运行维护和安全保障工作；为财政改革和管理工作提供技术保障等。　·
 
　　综合规划处
　　综合规划处（综合经济研究室）研究拟订本市中长期财政改革和发展规划并组织实施；组织管理本市财政系统的课题研究工作，对综合性、全局性的财政改革和发展问题进行前瞻性研究；参与研究拟订本市综合性的财政改革方案；参与研究拟订本市财税经济政策；分析预测本市宏观经济和财政发展形势，并提出综合性的宏观调控政策建议。
 
　　财政监督处
　　拟定本市财政监督的政策和制度；监督财税法规、政策的执行情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；依法查处重点违反财经纪律案件；监督检查市局内部各部门及所属单位执行财政法规、政策、制度情况。
 
　　预算处
　　编制年度市本级预算草案和预算调整草案；汇总代编年度区县预算草案；分析报告财政收支执行情况；提出平衡财政收支的政策措施与建议；拟订市与区县财政管理体制；负责市与中央、市与区县的财政结算；拟订市级财政预算管理制度；审批市级部门预算和调整预算；拟订本市非税收入管理相关文件；审批本市行政事业性收费项目与收费标准；负责与市人大财经委、预算工委的汇报沟通；配合审计部门做好对财政的审计工作；汇总地方政府性债务和拟定相关管理制度；拟定乡镇财政资金监管办法。
 
　　国库处
　　组织实施国库金库管理制度、财政总预算会计制度和行政单位会计制度；研究推行本市国库集中收付制度；负责市级财政资金拨付、调度；汇总并编制市级、区县、全市财政总决算，汇总行政事业单位决算；统一管理市级财政银行开户和市级预算单位银行帐户开立、变更；负责地方债券发行管理；牵头负责非税收入收缴管理、财政票据管理、公务用车控制。
 
　　政府采购管理处
　　牵头拟订本市政府采购制度政策、编制集中采购目录草案；审批政府采购形式、方式变更；负责政府采购评审专家、供应商、采购代理机构和政府采购其他事务的监督管理；建设和管理本市政府采购信息管理平台；处理市级采购项目投诉；负责采购信息公告和数据统计。
 
　　行政政法处
　　负责牵头拟订本市行政单位财务管理制度，拟订相关财政资金管理办法；对口联系市委系统、市人大等部门和单位，审核其年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况，参与拟订行政单位有关财政政策、制度；牵头负责行政单位资产管理工作；负责国家机关定点饭店招标等管理工作。
 
　　教科文处
　　负责牵头拟订本市事业单位财务管理制度，拟订相关财政资金管理办法；对口联系市教委、市科委、市科协等部门和单位，审核其年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况，参与拟订事业单位有关财政政策、制度；牵头负责事业单位资产管理工作；审核和监管体育彩票公益金和发行费收支预算。
 
　　经济建设处
　　负责拟订本市基本建设项目有关财务管理制度，拟订相关财政资金管理办法；对口联系市发改委、市建交委、市住房保障局等部门和单位，审核其年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系部门和单位的资产管理工作。
 
　　农业处
　　农业处（农业综合开发办公室）负责牵头拟订农业财务管理制度，拟订相关财政资金管理办法；对口联系市农委、市农场管理局等部门和单位，审核其年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系部门和单位的资产管理；组织开展全市农业综合开发项目、资金和综合管理工作。
 
　　社会保障处
　　负责拟订本市就业、社会保障、医疗卫生相关财政政策制度和财政资金管理办法；拟订社会保险基金、残疾人就业保障金、福利彩票公益金的财务管理制度；对口联系市人力资源社会保障局、市公务员局等部门和单位，审核其年度预决算的调整，分析预算支出的执行情况；负责对口联系部门和单位的资产管理；审核市福利彩票中心彩票发行费收支预算。
 
　　企业处
　　负责拟订本市企业财务管理制度，拟订相关财政资金管理办法；负责市本级国有资本经营预算工作；对口联系市经信委、市商务委等部门和单位，审核其年度预决算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系部门和单位的资产管理；负责高新技术成果转化等地方财政扶持政策和企业政策性亏损补贴的审核；负责财政反补贴调查工作。
 
　　会计处
　　组织实施国家统一会计制度，指导企事业单位规范会计核算；管理本市会计从业资格及人员、会计专业技术资格考试和高级会计师评审；指导和监管代理记账机构；负责本市会计师事务所、资产评估师机构的设立审批和日常管理，指导和监督市注册会计师协会和市资产评估协会工作。
 
　　涉外经济处
　　负责本市的世界银行、亚洲开发银行和外国政府合作项目开发和管理，负责有关财政政策拟订、贷款项目监督和财务管理；负责本市的非贸易、非经营外汇的管理及批汇、核销工作；负责本市财政涉外综合研究、对外双边和多边合作交流。
 
　　税政处
　　负责贯彻国家税收政策；组织起草税收地方性法规、规章草案、实施细则和税收政策调整方案；研究提出运用税收政策实施宏观调控的建议；做好税收政策执行情况的反馈和税收资料的调查工作；监督检查税收政策的执行情况；负责地方财政部门的关税工作。
 
　　绩效评价管理处
　　负责拟订财政支出绩效评价的相关政策、制度和办法，拟订绩效评价指标与标准体系；组织对预算编制、执行和财政资金使用情况进行绩效评价；负责建立与管理绩效评价中介机构库和专家库，并对其评价质量进行监督；建立绩效评价工作信息库和绩效评价结果应用机制。
 
　　监察室
　　负责市级财政部门纪律检查和行政监察工作；监督检查本市财政部门及其工作人员贯彻执行国家财税法律、法规、规章和有关政策情况；受理财政部门及其工作人员违法违纪行为的检举、控告；负责财政部门政风行风建设工作；承办市纪委、市监察局交办的其他事项。
 
　　直属机关党委
　　直属机关党委（工会、团委）宣传党的路线方针政策，开展思想政治工作；负责党的基层组织建设；负责党内监督工作；组织党员教育、管理、服务和发展工作；负责统战工作；推进学习型组织建设；组织开展工会工作、团员青年工作；指导基层单位相关业务工作。

 
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