重庆市财政局设24个职能处室：办公室、综合处、法规处、税政处、预算处、国库处、政府采购处、行政政法处、教科文处、行政事业单位国有资产管理处（重庆市罚没财物管理办公室）、经济建设处、农业处、基层财政处、社会保障处、企业处、涉外处（重庆市政府主权外债管理办公室）、会计处(重庆市会计专业技术资格考试办公室)、监督检查处、政策研究室、人事教育处、重庆市农村综合改革[*{a}*]小组办公室、机关党委办公室、离退休人员工作处、监察室。局属事业单位10个：重庆市财政国库支付中心、重庆市会计委派管理中心、重庆市财政局票据监管中心、重庆市财政收支管理服务中心、重庆市财政局后勤服务中心、重庆财政学校、重庆市财政会计人员教育中心、重庆市中华会计函授学校、重庆市注册会计师服务中心、重庆市财政投资评审中心。