1.市局稽查局
　　组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调系统税务稽查工作。
 
　　稽查局设6个内设机构（正科级）：办公室、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科、举报中心。
 
　　2.车辆购置税征收管理分局
　　组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的日常管理、日常检查、纳税服务等工作；组织实施车辆购置税的税源管理、纳税评估等办法；对核定各类车辆最低计税价格提出建议。
 
　　车辆购置税征收管理分局设5个内设机构（正科级）。
 
　　3.直属税务分局
　　负责重庆市政府确定的重点企业及跨省（市）企业的税收征收管理工作。
 
　　4.*9稽查局
　　主要负责重庆市国家税务局北碚区国家税务局、两江新区国家税务局、北部新区国家税务局和车辆购置税征收管理分局所辖范围内纳税人的税务稽查工作。
 
　　5.第二稽查局
　　主要负责重庆市国家税务局江北区国家税务局、渝北区国家税务局和直属税务分局所辖范围内纳税人的税务稽查工作。
 
　　6.第三稽查局
　　主要负责重庆市渝中区国家税务局、重庆市沙坪坝区国家税务局和重庆市两路寸滩保税港区（西永综合保税区）国家税局所辖范围内纳税人的税务稽查工作。
 
　　7.第四稽查局
　　主要负责重庆市大渡口区国家税务局、重庆市九龙坡区国家税务局和重庆市高新技术产业开发区国家税局所辖范围内纳税人的税务稽查工作。
 
　　8.第五稽查局
　　主要负责重庆市南岸区国家税务局、重庆市巴南区国家税务局和重庆市经济技术开发区国家税局所辖范围内纳税人的税务稽查工作。

 
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