南宁市国家税务局直属机构2个，分别是稽查局、车辆购置税征收管理分局。稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局级别为正科级。另跨行政区划设置*9稽查局、第二稽查局、第三稽查局，级别均为正科级。
 
　　（1）稽查局
　　组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度检查计划确定的重点税源企业和税务违法案件的稽查、审理、执行工作；贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收举报案件的受理、转办或初查、检查；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检查、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查作；负责对全市的检查计划、大要案件稽查、税收专项检查进行统筹管理。
 
　　南宁市国家税务局稽查局内设机构为8个（副科级），分别是：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、案件审理科、案件执行科和举报中心。
 
　　南宁市国家税务局跨行政区划设置*9、第二、第三稽查局。其内设机构分别为7个，分别为:办公室、综合选案股、检查一股、检查二股、检查三股、案件审理股、案件执行股，级别为正股级。
 
　　（2）车辆购置税征收管理分局
　　组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；协助车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理领取的车辆购置税票证。
 
　　车辆购置税征收管理分局内设5个股，分别是：办公室、综合业务股、征收股、管理股、票证股。

 
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