在企业所得税汇算清缴过程中，企业应关注收入、成本、费用、资产损失等项目的归集与核算，规范税前扣除，最关键的是要把握会计制度与企业所得税法之间在收入和支出方面处理的差异。
收入差异及调整
一、视同销售收入
会计准则中没有视同销售的规定，在会计上不作为销售核算。在税务处理上，企业所得税法第二十五条规定，企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。国家税务总局《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）规定，企业将资产用于市场推广或销售、交际应酬、职工奖励或福利、股息分配、对外捐赠和其他改变资产所有权属的用途等情形，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。
二、提供劳务收入
在会计处理上，提供劳务交易的结果能够可靠估计，要同时满足下列四个条件：一是收入的金额能够可靠地计量；二是相关的经济利益很可能流入企业；三是交易的完工进度能够可靠地确定；四是交易中已发生和将发生的成本能够可靠地计量。在满足这四个条件的基础上，对于已经发生的劳务成本，能补偿多少成本就确认多少收入，预计不能得到补偿的，应当将已经发生的劳务成本计入当期损益，不确认提供劳务收入。
在税务处理上，《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函〔2008〕875号，以下简称875号文件）规定，对于劳务收入的确认条件和确认方法，会计与税法趋于一致，两者都注重权责发生制原则和实质重于形式原则。不同的是，875号文件没有强调“相关的经济利益很可能流入企业”这一前置条件。
三、利息收入
在会计处理上，会计上规定采用实际利率法计算确认利息收入，实际利率与名义利率差别很小的，也可采用名义利率（合同利率）计算利息收入。会计上按权责发生制原则在每个资产负债表日确认利息收入。
在税务处理上，税法要求按名义利率确认利息收入，不认可企业采用实际利率法确认的利息收入。税法要求按合同约定的债务人应付利息的日期确认利息收入。
支出差异及调整
一、利息支出
在会计处理上，企业发生的借款费用，可直接归属于符合资本化条件的资产的购建或者生产的，应当予以资本化，计入相关资产成本；其他借款费用，应当在发生时根据其发生额确认为费用，计入当期损益。
在税务处理上，非金融企业向非金融企业借款，超过金融企业同期同类贷款利率计算的部分，税前不得扣除。企业向自然人借款，不能满足税法规定“企业与个人之间借贷是真实、合法、有效且签订了借款合同”的条件，其利息支出不能扣除；虽满足上述条件，但高于金融企业同期同类贷款利率计算的部分税前不得扣除。企业向关联企业借款，超过标准的借款利息支出不得在税前扣除。企业如果能够证明相关交易活动符合独立交易原则，或者该企业的实际税负不高于企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本资本额的差额应计付的利息，不得在税前扣除。
二、存货减值损失
在会计处理上，企业存货发生减值时要求提取存货跌价准备，其对应的资产减值损失计入损益。在税务处理上，只有在存货实际发生损失时，其损失金额才能从应纳所得税额中扣除。企业提取的存货跌价准备金支出，在当年的企业所得税年度申报中应作纳税调增，在以后年度因其价值恢复或转让处置而冲销的准备允许作相反的纳税调整。
三、借款费用资本化
在会计处理上，企业建造或购置需要安装的固定资产，发生的借款费用符合资本化条件的，计入固定资产入账价值。在税务处理上，税法对利息的列支有许多规定，如果会计上的借款费用超过税法规定的标准，则超过部分不得计入建造或购置需要安装的固定资产的计税基础，也不能作为财务费用在税前扣除。因此借款费用资本化金额超过税法规定的标准，建造或购置需要安装固定资产的初始计量，其计税基础小于会计成本，产生永久性差异，此差异不需要进行纳税调整，但对后续计量中涉及的因计税基础小于会计成本而影响折旧额的部分，应调增应纳税所得额。
四、固定资产折旧
在会计处理上，除已提足折旧仍继续使用的固定资产和单独计价入账的土地外，其他所有的固定资产都计提折旧。会计上根据固定资产预计生产能力或实物产量、预计有形和无形损耗来确定折旧年限。企业应当根据与固定资产有关的经济利益的预期实现方式，合理选择固定资产折旧方法。
在税务处理上，税法规定房屋、建筑物以外未投入使用的固定资产，以经营租赁方式租入的固定资产，以融资租赁方式租出的固定资产，已足额提取折旧仍继续使用的固定资产，与经营活动无关的固定资产，单独估价作为固定资产入账的土地，以及其他不得计算折旧的固定资产不能计提折旧。
税法限定了固定资产最低折旧年限，除由于技术进步，产品更新换代较快和常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产外，其他固定资产的折旧年限不得低于税法规定的最低折旧年限。采用缩短折旧年限方法的，最低折旧年限不得低于企业所得税实施条例规定的折旧年限的60％；若为购置已使用过的固定资产，其最低折旧年限不得低于该条例规定的最低折旧年限减去已使用年限后剩余年限的60％。
税法规定固定资产直线计算的折旧准予扣除，符合加速折旧的固定资产可采用双倍余额递减法或年数总和法。税法规定已经提取折旧固定资产的改建支出计入长期待摊费用，按照固定资产预计尚可使用年限分期摊销。对会计计提的折旧额大于税法规定可税前扣除的折旧额部分，应调增应纳税所得额。
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