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问题解答:
贵司发行股票取得的增值税进项税额，可以抵扣。
根据财税[2009]29 号第二条规定，企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。因此，无论是否属于首发，因溢价发行股票而支付的费用均不可以税前扣除。
根据财税[2016]36 号文附件 1 第二十七条的规定，贵司发行股票支付的费用不属于不得抵扣的情形。另，企业发行股票也不属于贷款服务。如果接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，进项税额不可以抵扣。
相关规定：
《关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》(财税[2009]29 号)
二、企业应与具有合法经营资格中介服务企业或个人签订代办协议或合同，并按国家有关规定支付手续费及佣金。除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36 号)附
件 1：《营业税改征增值税试点实施办法》
第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。
(二)非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。
(四)非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
(五)非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
(六)购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
(七)财政部和国家税务总局规定的其他情形。
本条第(四)项、第(五)项所称货物，是指构成不动产实体的材料和设备，包括建筑装饰材料和给排水、采暖、卫生、通风、照明、通讯、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备及配套设施。
财税[2016]36 号附件 2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
一、营改增试点期间，试点纳税人[指按照《营业税改征增值税试点实施办法》(以下称《试点实施办法》)缴纳增值税的纳税人]有关政策(四)进项税额。
3.纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
根据财税[2009]29 号第二条规定，企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。因此，无论是否属于首发，因溢价发行股票而支付的费用均不可以税前扣除。
根据财税[2016]36 号文附件 1 第二十七条的规定，贵司发行股票支付的费用不属于不得抵扣的情形。另，企业发行股票也不属于贷款服务。如果接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，进项税额不可以抵扣。
相关规定：
《关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》(财税[2009]29 号)
二、企业应与具有合法经营资格中介服务企业或个人签订代办协议或合同，并按国家有关规定支付手续费及佣金。除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36 号)附
件 1：《营业税改征增值税试点实施办法》
第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。
(二)非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。
(四)非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
(五)非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
(六)购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
(七)财政部和国家税务总局规定的其他情形。
本条第(四)项、第(五)项所称货物，是指构成不动产实体的材料和设备，包括建筑装饰材料和给排水、采暖、卫生、通风、照明、通讯、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备及配套设施。
财税[2016]36 号附件 2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
一、营改增试点期间，试点纳税人[指按照《营业税改征增值税试点实施办法》(以下称《试点实施办法》)缴纳增值税的纳税人]有关政策(四)进项税额。
3.纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
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