贵司有留抵税又有欠税的，应当用留抵税额抵减欠缴的增值税及滞纳金，此处并不包含附加税，即，贵司欠缴增值税100万，留抵30万，对于留抵税额部分应抵减欠缴的增值税，而不应该剔除附加税部分，即，我们认可省税局的做法，对于附加税不应退企业。

《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112号)增值税一般纳税人(以下简称“纳税人”)既欠缴增值税，又有增值税留抵税额的问题规定，对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。

同时，《国家税务总局关于增值税进项留抵税额抵减增值税欠税有关处理事项的通知》(国税函[2004]1197号)抵减欠缴税款时，应按欠税发生时间逐笔抵扣，先发生的先抵。抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。