员工在上市公司实施的股权激励方案下取得的所得，不论形式如何，均属于与任职受雇相关取得的所得，应该按照“工资薪金所得”计算缴纳个人所得税。对于非上市公司实施的股权激励，符合规定条件的，经向备案，可实行递延纳税政策，适用“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税。
而确定市价的依据，一般也有以下几种方式：（1）根据最近一次融资的估值作为市价，这是目前创业公司常用的一种方式；（2）根据公司最近的净资产以及公司年营收×一定的系数进行估算。 一个好的激励方案，既能让员工充分参与，公司也不致于负担很重的成本。这就意味着，我们需要对股权激励的价格进行准确的“测算”。也就是说，不仅要找到合理的“定价依据”，还要对每一个员工设定可接受的“价格系数”。
员工获得股权激励，由上市公司或其境内机构按照“工资、薪金所得”项目和股票期权所得个人所得税计税方法，依法扣缴其个人所得税。上市公司应于向股票增值权被授权人兑现时依法扣缴其个人所得税。被授权人股票增值权应纳税所得额计算公式为：股票增值权某次行权应纳税所得额=（行权日股票价格－授权日股票价格）×行权股票份数。 对于取得股票期权的员工在行权日不实际买卖股票，而按行权日股票期权所指定股票的市场价与施权价之间的差额，直接从授权企业取得价差收益的，应作为工资薪金所得，按照股票期权工资薪金个人所得税公式计算缴纳个人所得税。
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