一般规定:进出口货物，应当适用海关接受该货物申报进口或者出口之日实施的税率。保税、减免税等货物的补税规定:已申报进境并放行的保税货物、减免税货物、租赁货物或者已申报进出境并放行的暂时进出境货物。补征或者退还进出口货物税款，应当按照前述规定(即2和3)确定适用的税率。
有下列情形之一需缴纳税款的，应当适用海关接受纳税义务人再次填写报关单申报办理纳税及有关手续之日实施的税率：(1)保税货物经批准不复运出境的;(2)保税仓储货物转入国内市场销售的;(3)减免税货物经批准转让或者移作他用的;(4)可暂不缴纳税款的暂时进出境货物，经批准不复运出境或者进境的;(5)租赁进口货物，分期缴纳税款的。 税率的适用：新的《关税条例》规定，暂定税率优先于最惠国税率实施;按协定税率、特惠税率进口暂定税率商品时，取低计征关税;按国家优惠政策进口暂定最惠国税率商品时，按优惠政策计算确定的税率与暂定最惠国税率两者取低计征关税，但不得在暂定最惠国税率基础上再进行减免。按照普通税率征税的进口货物不适用进口关税暂定税率。
税率适用中的几种特殊情况：(1)按照普通税率征税的进口货物，经国务院关税税则委员会特别批准，可以适用最惠国税率。 (2)对于无法确定原产国别(地区)的进口货物,按普通税率征税。对于某些包装特殊的产品，比如以中性包装或裸装形式进口经查验又无法确定原产国别的货物，除申报时能提供原产地证明的可按原产地确定税率外，一律按普通税率计征关税。
(3)对于原产地是香港、澳门和台、澎、金、马关税区的进境货物和我国大陆生产货物经批准复进口需征税的，按最惠国税率征收关税。
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