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问题解答:
我司属于政策性搬迁企业，2013年与政府签订土地收储协议，到目前为止已收到90%土地补偿款，现在要收取尾款时，政府要求我司开具正规发票，想咨询下如何操作？
（2013年签的收储协议，2013-2016年5月前收到的补偿款可能涉及就是涉及营业税，之后涉及增值税，收储协议是对土地使用权和房屋建筑物进行打包收储补偿，未明确土地和建筑分开的收储款，价格是包干价格）
答：1，营业税
A，土地使用权
在营业税税法下，政策性搬迁不征收营业税，政策依据如下第1条
B，地上建筑物
在营业税税法下，政策性搬迁不征收营业税，政策依据如下第2条
2，增值税
A，土地使用权
增值税税法下，政策性搬迁不征收增值税，政策依据如下第3条
B，地上建筑物
财税〔2016〕36号仅仅提到了土地，对于地上建筑物或者附着物是否涉税只字未提。
也正为此，部分地方税务机关开始对地上建筑物对应的补偿费收取增值税。
例如湖北省国税局发布的《湖北省营改增问题集》第四部分“房地产业”明确，纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的建筑物、构筑物和机器设备的补偿收入征收增值税，取得的其他补偿收入免征增值税。
为便于征管，征收人与被征收人签订《征收补偿协议》时，应分别对土地、房屋价值单独评估。
未单独评估或房屋评估价值低于房屋、土地价值总额20%的，按20%确定房屋计税依据。
对于一般纳税人的国有土地使用权被政府收回时，其取得的建筑物、构筑物的补偿收入，属于转让不动产的应税行为，应按照《国家税务总局关于发布<纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第14号）第三条规定处理。
所以综上所述，营业税环境下是不需要交营业税，然后增值税环境下是需要划分土地及地上建筑物区别缴纳增值税。然后具体的开票事宜建议贵司和当地主管税务机关商量一下。
__________
相关规定：
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）
纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
《国家税务总局关于单位和个人土地被国家征用取得土地及地上附着物补偿费有关营业税的批复》（国税函[2007]969号）
对国家因公共利益或城市规划需要而收回单位和个人所拥有的土地使用权，并按照《中华人民共和国土地管理法》规定标准支付给单位和个人的土地及地上附着物（包括不动产）的补偿费不征收营业税。
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第三十七项规定，土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为，不征收增值税。
（2013年签的收储协议，2013-2016年5月前收到的补偿款可能涉及就是涉及营业税，之后涉及增值税，收储协议是对土地使用权和房屋建筑物进行打包收储补偿，未明确土地和建筑分开的收储款，价格是包干价格）
答：1，营业税
A，土地使用权
在营业税税法下，政策性搬迁不征收营业税，政策依据如下第1条
B，地上建筑物
在营业税税法下，政策性搬迁不征收营业税，政策依据如下第2条
2，增值税
A，土地使用权
增值税税法下，政策性搬迁不征收增值税，政策依据如下第3条
B，地上建筑物
财税〔2016〕36号仅仅提到了土地，对于地上建筑物或者附着物是否涉税只字未提。
也正为此，部分地方税务机关开始对地上建筑物对应的补偿费收取增值税。
例如湖北省国税局发布的《湖北省营改增问题集》第四部分“房地产业”明确，纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的建筑物、构筑物和机器设备的补偿收入征收增值税，取得的其他补偿收入免征增值税。
为便于征管，征收人与被征收人签订《征收补偿协议》时，应分别对土地、房屋价值单独评估。
未单独评估或房屋评估价值低于房屋、土地价值总额20%的，按20%确定房屋计税依据。
对于一般纳税人的国有土地使用权被政府收回时，其取得的建筑物、构筑物的补偿收入，属于转让不动产的应税行为，应按照《国家税务总局关于发布<纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第14号）第三条规定处理。
所以综上所述，营业税环境下是不需要交营业税，然后增值税环境下是需要划分土地及地上建筑物区别缴纳增值税。然后具体的开票事宜建议贵司和当地主管税务机关商量一下。
__________
相关规定：
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）
纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
《国家税务总局关于单位和个人土地被国家征用取得土地及地上附着物补偿费有关营业税的批复》（国税函[2007]969号）
对国家因公共利益或城市规划需要而收回单位和个人所拥有的土地使用权，并按照《中华人民共和国土地管理法》规定标准支付给单位和个人的土地及地上附着物（包括不动产）的补偿费不征收营业税。
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第三十七项规定，土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为，不征收增值税。
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