专项应付款和政府补助的区别是:专项应付款规定了专门用途;而政府补助一般是没有限定用途的。
“专项应付款”科目核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项或特定用途的款项;政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产,但不包括政府作为企业所有者投入的资本。
政府以投资者身份向企业投入资本,享有企业相应的所有权,企业有义务向投资者分配利润,政府与企业之间是投资者与被投资者的关系。政府拨入的投资补助等专项拨款中,国家相关文件规定作为“资本公积”处理的,也属于资本性投入的性质。政府的资本性投入无论采用何种形式,均不属于政府补助。