根据《增值税暂行条例》第八条第二款（三）规定：“购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。”
1、农产品收购发票、销售发票：按买价*扣除率计算可抵扣进项税额【其中，扣除率2019年4月1日后为9%；如果用于加工生产销售税率为13%农产品的，扣除率可以加计1%即为10%扣除。值得说明的是，购进当月按照9%扣除，在有生产销售的月份再加计1%；若当月购进当月生产销售13%税率货物，则当月可直接按加计后10%扣除】
2、农产品普通发票：按买价*扣除率计算可抵扣进项税额（同上）
3、小规模纳税人申请税务局代开的农产品专用发票：购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%（或10%）的扣除率计算进项税额。
例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。 加计扣除同情况1
政策依据：《财政部税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税[2017]37号）第二条；《财政部税务总局关于调整增值税税率的通知》
4、取得一般纳税人开具的农产品专用发票、海关进口增值税专用缴款书：按发票注明的税额扣除。
5、生产不同税率产品为未分别核算的不享受加计扣除优惠政策。
6、另：在流通环节（批发、零售）取得的适用免征政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋普通发票不得抵扣进项。
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