股票期权缺点：(1)适合初始资本投入较少，资本增值较快公司，特别是拟上市(挂牌)公司;(2)对于股权缺少流动性的公司，股票期权激励力度不大;(3)对于上市(挂牌)公司而言，股票期权存在股票市场波动的风险;(4)可能导致激励对象片面追求股价提升的短期行为。

虚拟股票缺点：(1)可能导致激励对象关注企业的短期利益，忽视公司资本公积的积累;(2)公司的现金支付压力较大，虚拟股票激励较适合现金流量比较充裕的公司;(3)激励对象未实际持有股权(股票)，股权(股票)价格的波动不直接影响激励对象的利益，是一种纯激励的方式;(4)行权和抛售时价格难以确定。

股票增值权缺点：(1)激励对象不能获得真正意义上的股票，激励的效果相对较差;(2)增值权的收益来源为公司提取的奖励资金，公司的现金支付压力较大;(3)对于上市(挂牌)公司，股票价格的高低未与公司业绩直接挂钩，起不到实现长期激励的作用。

限制性股票缺点：(1)现金流压力较大;(2)激励对象实际拥有股权(股票)，享有股东权利，公司难以对激励对象实施有效的约束。

员工持股计划缺点：(1)员工可能需要支出现金或承担贷款;(2)员工所持股权不能转让、交易、继承;(3)福利性较强，激励性较差;(4)平均化会降低员工积极性;(5)操作上缺乏法律基础和政策指导。