收到零税率的发票大部分是不允许抵扣的，但是有一种情况例外：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第538号）第八条第三项规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额准予从销项税额中抵扣。（现在是9%的扣除率和生产13%产品的话，加计扣除1%）。

零税率与免税抵扣方式不同。纳税人销售零税率货物既然有纳税义务，同样具有抵扣税额的权利，从形式上表现为退给纳税人在各个流转环节已缴纳的税款。而免税则规定免除纳税人纳税的义务，同时也规定生产销售免税货物不得抵扣进项税额，即纳税人必须放弃抵扣税款的权利。

法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》

第五十四条

企业所得税分月或者分季预缴。企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。

企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。

企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。

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