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问题解答:
根据财税[2016]36号附件1的第十条及第十一条的规定，我们认为，贵公司以专利技术投资入股取得股权属于有偿转让专利技术，因此，无形资产投资入股可以开具增值税专用发票，收票方可以正常抵扣。
另外，根据财税[2016]36号附件三第一条第二十六款的规定，专利技术投资入股，有技术转让合同复印件，科技主管部门审核意见证明文件等相关资料，可以享受免征增值税，开具免税的增值税发票。
综上，公司以专利技术投资入股属于有偿转让专利技术，属于增值税的应税行为，应按照转让无形资产缴纳增值税，同时，若按要求执行了免征增值税的备案程序，可享受免征增值税税收优惠政策，开具增值税免税发票。
相关规定：
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》
第十条销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产，但属于下列非经营活动的情形除外：
(一)行政单位收取的同时满足以下条件的政府性基金或者行政事业性收费。1.由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费;
2.收取时开具省级以上(含省级)财政部门监(印)制的财政票据;3.所收款项全额上缴财政。
(二)单位或者个体工商户聘用的员工为本单位或者雇主提供取得工资的服务。(三)单位或者个体工商户为聘用的员工提供服务。
(四)财政部和国家税务总局规定的其他情形。
第十一条有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。
附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
一、下列项目免征增值税
(二十六)纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务。1.技术转让、技术开发，是指《销售服务、无形资产、不动产注释》中“转让技术”、“研发服务”范围内的业务活动。技术咨询，是指就特定技术项目提供可行性论证、技术预测、专题技术调查、分析评价报告等业务活动。
与技术转让、技术开发相关的技术咨询、技术服务，是指转让方(或者受托方)根据技术转让或者开发合同的规定，为帮助受让方(或者委托方)掌握所转让(或者委托开发)的技术，而提供的技术咨询、技术服务业务，且这部分技术咨询、技术服务的价款与技术转让或者技术开发的价款应当在同一张发票上开具。
备案程序。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。
另外，根据财税[2016]36号附件三第一条第二十六款的规定，专利技术投资入股，有技术转让合同复印件，科技主管部门审核意见证明文件等相关资料，可以享受免征增值税，开具免税的增值税发票。
综上，公司以专利技术投资入股属于有偿转让专利技术，属于增值税的应税行为，应按照转让无形资产缴纳增值税，同时，若按要求执行了免征增值税的备案程序，可享受免征增值税税收优惠政策，开具增值税免税发票。
相关规定：
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》
第十条销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产，但属于下列非经营活动的情形除外：
(一)行政单位收取的同时满足以下条件的政府性基金或者行政事业性收费。1.由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费;
2.收取时开具省级以上(含省级)财政部门监(印)制的财政票据;3.所收款项全额上缴财政。
(二)单位或者个体工商户聘用的员工为本单位或者雇主提供取得工资的服务。(三)单位或者个体工商户为聘用的员工提供服务。
(四)财政部和国家税务总局规定的其他情形。
第十一条有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。
附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
一、下列项目免征增值税
(二十六)纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务。1.技术转让、技术开发，是指《销售服务、无形资产、不动产注释》中“转让技术”、“研发服务”范围内的业务活动。技术咨询，是指就特定技术项目提供可行性论证、技术预测、专题技术调查、分析评价报告等业务活动。
与技术转让、技术开发相关的技术咨询、技术服务，是指转让方(或者受托方)根据技术转让或者开发合同的规定，为帮助受让方(或者委托方)掌握所转让(或者委托开发)的技术，而提供的技术咨询、技术服务业务，且这部分技术咨询、技术服务的价款与技术转让或者技术开发的价款应当在同一张发票上开具。
备案程序。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管税务机关备查。
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