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问题解答:
根据财税[2005]165号第六条规定：“一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。”
另，国家税务总局公告2012年第55号第一条规定：“增值税一般纳税人(以下称‘原纳税人’)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称‘新纳税人’)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。”
综上，贵司可以将拟注销分公司的全部资产、负债和劳动力并入总公司，则分公司在办理注销登记前的进项留抵可以结转至总公司继续抵扣。
相关规定：
《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)
六、一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第55号)
一、增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
另，国家税务总局公告2012年第55号第一条规定：“增值税一般纳税人(以下称‘原纳税人’)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称‘新纳税人’)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。”
综上，贵司可以将拟注销分公司的全部资产、负债和劳动力并入总公司，则分公司在办理注销登记前的进项留抵可以结转至总公司继续抵扣。
相关规定：
《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)
六、一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题
一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第55号)
一、增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
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